對于初次接觸印制
電路板設計的用戶來說，首先面臨的問題就是設計工作中究竟包括哪些步驟，應從什么地方入手、各個步驟之間的銜接關系如何？因此，在利用Protel99SE設計印刷電路板之前，必須了解基本工序，也就是印制電路板的布線流程。
一、繪制正確的原理圖和網絡表
原理圖是設計PCB板的前提，而網絡表是連接原理圖和PCB板圖的橋梁，所以在繪制PCB電路板之前一定要先得到正確的原理圖和網絡表。
二、確定元件封裝
要完成從原理圖到PCB的轉換，只有各個元器件對象的連接關系是不夠的，還必須知道每一個元件的封裝形式（Footprint）。Protel99SE提供了豐富的標準元件庫，在導入網絡表文件 ，必須先加載PCB元件封裝庫，并且要確保所有用到的庫都已載入。
三、設置環境參數
用戶可以根據自己的習慣設置環境參數，如柵格大小、光標捕捉大小、公制英制單位的轉換以及工作層面的顏色等。另外，因為PCB板圖由很多層構成，所以還需要對PCB板的圖層進行設置。
四、規劃電路板
這一步主要是對電路板的各種物理參數進行設置，包括電路板是采用雙層板還是多層板，電路板的形狀、尺寸，電路板的安裝方式，在需要放置固定孔的地方放上適當大小的焊盤，以及在禁止布線層上繪制PCB板的外形輪廓等等。
五、導入網絡表
網絡表中包含了各個元器件的封裝形式，以及元件之間的連接關系，因此導入網絡表之后就得到了PCB的后續設計的基礎。
六、元件的布局
應當從機械結構、散熱、電磁干擾、將來布線的方便性等各方面綜合考慮。先布置與機械尺寸有關的器件并鎖定這些器件，然后布置較大的、占用空間較多的器件和電路的核心元件，最后布置外圍的小元件。
七、制訂詳細的布線規則
布線規則包括走線間距、各種線寬、過孔的大小、布線的拓撲結構等，這些規則需要根據所設計的電路板的實際情況進行設置。另外，還要在不希望有走線的區域內放置填充層，如散熱器和臥放的兩腳晶振下方所在的布線層。
八、PCB布線
這一步驟包括了手工布線、自動布線和手工調整三個小步。
九、電路板的引出端的處理
在實際
PCB設計中，電源、接地、信號的輸入和輸出等端必須與外界相連，引出方式根據工藝要求而定。常見的引出方式—利用焊盤引出和利用接插件引出；也可以在原理圖中添加引出端，而后更新PCB板。
十、敷銅與補淚滴
為了增強電路板的抗干擾能力，需要對各布線層的放置地線網絡進行敷銅，根據需要可以有網格狀敷銅或實心敷銅，也可以對電源網絡進行敷銅。另外，還需要對所有過孔和焊盤補淚滴，對于貼片和單面板一定要加淚滴。
十一、進行設計規則檢查
為了確保電路板圖符合設計規則，以及所有的網絡均已經正確連接，布線完畢后一定要做設計規則檢查。這一步與前面的制訂詳細的布線規則是相互呼應的，一方面，可以根據制定好的設計規則來檢查布線錯誤；另一方面，如果布線過程中需要忽略某些錯誤，也可以對設計規則進行修改。
十二、調整其余層上的信息
全部調完并且通過設計規則檢查之后，將所有絲印層的字符拖放到合適位置，注意盡量不要放在元件下面或過孔和焊盤的上面，對于過大的字符可適當縮小。最后再放上印板名稱、設計版本號、公司名稱、文件首次加工日期、印板文件名、文件加工編號等信息，并可用第三方提供的程序加上中文注釋。
十三、保存和導出印制板文件
電路板設計完成后，還要對印制板文件進行整理、存檔和打印圖紙等工作。此外還可以導出元件明細表，生成電子表格文檔作為元件清單等。
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